两者用途不同、保障阶段不同。履约保函保障全过程履约，覆盖施工、质量、工期，金额较低、有效期较长。预付款保函保障预付款，仅针对前期资金专款专用，金额与预付款一致、有效期随扣款递减。履约保函在违约、烂尾时赔付；预付款保函在挪用、失联、未开工时赔付。工程项目通常两者配合使用：开工前办预付款保函，施工阶段办履约保函，形成全周期风险保障。